医疗制药废水再利用又被称为制药废水再利用，其主要目的是降低废水处理成本。追求废水处理技术成本节约，也是制药企业废水处理的基本要求。在制药废水零排放的基础上，环保企业实现再利用减排，就是废水处理再利用的体现。

目前制药废水之所以成为环保界的一大难题，是由于随着我国医药工业的迅猛发展，并且制药行业原料和制药行业原料还有技术的多样性，因此排放的废水水质多种多样，因此制药废水没有成熟统一的治理技术。

制药企业在生产中产生的氨氮废水是废水处理的重点。传统上对于此类废水处理主要采用化学沉淀法、吹脱法、传统生物法等方式，实现对于氨氮废水的氨水和无机氨的分离。但是制药行业的属于废水浓度比较大的行业，传统的除氨氮方法可能很难达到理想的效果，因此，对于制药行业的废水处理，通过采用好氧—厌氧的方式来实现对于氨氮废水的处理目的。